По приказу №21-01/ S 18 февраля 1999 года Председателя Верховного Меджлиса Нахичеванской Республики музей им. Гейдара Алиева был основан в городе Нахичевань и начал свою деятельность 10-го мая 1999 года. В фонде музея были собраны 3765 экспонатов, отражающие жизнь и деятельность общенационального лидера Гейдара Алиева.В середине зала экспозиции поставлен бюст Гейдара Алиева из строганного белого мрамора. В первом отделе музея размещён портрет «Президент Гейдар Алиев», нарисованный масляными красками на холсте в классическом стиле, фотографии, снятые в разное время, документы, карты и плакаты. Во втором отделе были размещены лампа, служебный телефон, пенал и стол рабочего кабинета общенационального лидера Гейдара Алиева, использующего эти предметы в 1991-1993 годах, когда он был главой Нахичеванской Автономной Республики. В третьем отделе демонстрируются копии различных государственных наград, марки и медали, выпущенные в честь 70-ти и 80-ти летия общенационального лидера Гейдара Алиева и памятные предметы. Четвертый отдел состоит из ковров, связанных в честь многоуважаемого Гейдара Алиева. Личные вещи общенационального лидера Гейдара Алиева, продемонстрированные в пятом отделе, находятся в числе самых ценных экспонатов музея.Все эти и другие экспонаты, продемонстрированные в музее - приказы и постановления, принятые и подписанные протоколы и договора, письма и телеграммы, отправленные Великому лидеру, отражая разные моменты почётной дороги, создают полную картину социально-политической и государственной деятельности Гейдара Алиева Алирза оглы.