Этот музей был создан в Шеки в сентябре 1925 года по указу Комиссариата Просвещения. В этот исторический памятник, построенный в 1895 году в качестве казармы, в 1980 году был переведён музей.

Общая площадь музея 924 m². На 724 m² расположены залы экспозиции. В музее собрано около 5000 материальных и культурных памятников, отражающих нашу историю и культуру. Около 3000 из них демонстрируются в залах экспозиции.

В музее имеются следующие отделения: 1) Природа; 2) Древнее время; 3) Этнография; 4) Государство; 5) Наука, культура, просвещение и здравоохранение; 6) Боевая слава; 7) Шелководство; 8) Сельское хозяйство; 9) Кулинарная культура Шеки; 10) Отделение, отображающее жизненную деятельность, а также его поездки Г.Алиева в Шеки.

Экспонаты музея неоднократно демонстрировались в зарубежных странах, таких как Мадагаскар, Эфиопия, Пакистан и других странах.

Помимо иностранных государств, были организованы выставки, состоящие из музейных экспонатов в столице нашей республики, в городе Баку, в Шекинско – Турецком лицее, в школе интернате N1 и в школах. Каждый год в первый выходной мая проводится день открытых дверей и посетители музея могут побывать в нём бесплатно. В течение года в музей приезжают зрители со всех точек мира и многие известные личности записывают свои впечатления в книгу отзывов.

В музее создано новое отделение, в связи с открытием Шекинского Олимпийского Комплекса, отображающее определённые моменты жизни и деятельности общенационального лидера покойного президента Г.Алиева.