По религиозному повествованию во времена Гаруна-Ар-Рашида (786-809) между ним и восьмым имамом Али-Ибн-Муса-Ар-Рзой произошел конфликт. Из-за преследования имама и его семьи халифу приходится покинуть Багдад вместе с ними. Из-за некоторых проблем по дороге родственники теряют друг-друга. Имам Рза приходит в деревню Санабад, неподалеку от Иранского города Хорасана. Сестра имама Гекюме вместе со своей служанкой Эйбат приходят в Баку. Они там поселяются. После смерти Гекюмы ханум над её могилой была построена гробница (9-ое столетие). По мусульманским законам женщину не называли по имени. ( Эта традиция существует и сейчас: биби, дайыдосту, эмидосту, емиджаны, дайыджаны и т. д.). Эйбат, обращаясь к своей ханум, говорила «биби». Поэтому гробницу назвали «Биби-Эйбат», биби Эйбаты. Гробница считалась священной, её посещали путешественники, паломники, верующие. Некоторые тут заселялись, позже здесь появилось село (Шейхлар – Шихлар – Шихов).

Для богослужения здесь была построена большая мечеть, присоединенная к гробнице. Эту мечеть построил Ширванский правитель Фаррухзад ибн Ахистан по приказу царя Хулагу Казанхана Махмуда (1205-1304). Архитектором мечети был Махмуд ибн Сед. В связи с названием гробницы мечеть тоже была названа Биби-Эйбат. (Вероятно, что мечеть была построена в 1267-1300 годы).

Один из богатых людей Баку Юсифага Дадашев в 1900 году вел реставрационные работы в мечети, и так же построил новую мечеть. В постройке мечети были использованы орнаменты и формы народной архитектуры. Мечеть и гробница Биби-Эйбат были в центре внимания путешественников, прибывавших в Баку. Все, кто посетил это святилище, описывали его в своих записях. Некоторые путешественники давали неверную оценку. В своих произведениях Французский путешественник Александр Дюма, в 1858 году побывавший в Баку, посетил это место. Но в книге « Путешествие по Кавказу» он высказал ошибочную мысль, что мечеть очень бедная и гробница принадлежала дочери пророка Мухаммеда Фатиме. В 1877-1878 годах Карла Серена, путешествующая по Азербайджану (первая женщина - путешественница в Европе) побывала в мечети Биби-Эйбат, правильно указала её принадлежность и отметила то, что в мечеть приносят много пожертвований и здесь собрано много коллекций.

Мечеть Биби-Эйбат была редкостной постройкой по истории создания и красоте. К большому сожалению, в 30-е года во времена реакции в Азербайджане, когда разрушались многие уникальные, исторические, материально-культурные памятники, в 1936 году так же была разрушена мечеть Биби-Эйбат. Вместе с этим была забыта еще одна страница истории архитектуры.

Могила выдающегося азербайджанского государственного деятеля, дипломата, посвятившего тридцать один год своей жизни за борьбу воссоединения Азербайджана – Губинского Фатали хана, находилась во дворе мечети Биби-Эйбат. Надгробье, сделанное из дорогого мрамора (привезенного из Египта), было разломано, а могила была разрушена. Надгробье была спрятано одним мудрым аксакалом. Позже ученый археолог и этнограф Исхак Джафарзаде, расспрашивая людей, нашел надгробный камень и предоставил этот ценный экспонат в Исторический музей.

Мечеть Биби-Эйбат перенесена на холст азербайджанским художником Алибейем Гусейнзаде. Позже это произведение было выкуплено Гаджи Зейналабдином Тагиевым и обогатило историю азербайджанской культуры.

Мечеть Биби-Эйбат несколько лет назад была заново построена и превращена в святилище для народа по распоряжению покойного президента, великого лидера Гейдара Алиева. В мечети были возвышены два минарета. Один из минаретов носит имя нашего великого лидера «Минарет Гейдара».

Число паломников, приходящих в мечеть, увеличивается. Заново построенная мечеть Биби-Эйбат, получила новую путевку в жизнь. Поэтому народ всегда читают молитвы духу великого лидера и выражают ему свою признательность.